Passer des roms Snes (n'importe laquelle) avec l'effet de "couches superposées", c'est tout à fait envisageable. Théoriquement, c'est même expérimentable par n'importe qui chez lui.
Avec les touches &é"'(-è_çà)=, sur snes9x par exemple, vous pouvez activer/cacher certaines couches de l'ensemble graphique du jeu. (Y'en aura une pour le perso, une pour les streums, etc...).
Du coup, le programmeur de homebrew qui a compris ça, il doit juste parvenir à indiquer à son émulateur qu'il y'aura deux images à faire, dont une avec les couches décalées et faire correspondre ces images aux deux yeux.
(Si c'est incompréhensible, je fais un schéma. Si ça en intéresse)